水稻根部腐爛的原因，可能是田間使用肥料過多或頻繁遭遇低温等

肥料施加過多：肥料施加過多，後續低温缺氧條件下肥料分解生成硫化氫、有機酸，致使水稻根系中毒。
温度過低：秧苗期間長期為低温天氣，寄生菌或腐生菌侵襲秧苗根系，致使爛秧。
土壤透氣不良：土壤透氣性差或積水嚴重，導致水稻根系無法進行呼吸作用，最終根部腐爛。
藥害肥害：除草劑或肥料使用不當引起藥害或肥害，致使水稻根部腐爛。
病害：立枯病所致。

一、水稻根部腐爛的原因

1、田間使用肥料過多，後續肥料在低温缺氧的條件下分解，產生硫化氫、有機酸等多種有毒物質，導致水稻根系發黑，嚴重時，導致水稻根系死亡。

2、水稻秧苗生長期間，因為頻繁遭遇低温，導致土壤中的寄生菌或者是腐生菌危害到秧苗根系，最終引起水稻爛秧。

3、稻田土壤透氣性較差或者是稻田中長期積水，使得水稻根系部分沒有辦法獲得足夠的氧氣，最終導致根系發黑腐爛。

4、除草劑或肥料使用不當引起的藥害或者是肥害，有可能引起根部腐爛。

5、水稻感染立枯病，根系部位會有褐色黴層出現，嚴重時，還會導致根系部位腐爛。

二、水稻根部缺氧的原因

1、積水過多

（1）原因：土壤中的積水過多會導致水稻缺氧，是由於土壤滲入積水過多，使土壤完全處於水漬狀態，形成封閉空間。特別是在雨天過後，非常多種植區域的排水功能較弱，或者是農户澆水不當，使稻田長時間處在積水的狀態下。導致根部長時間浸泡在水裏，沒有辦法進行呼吸作用，氧氣含量也不足，導致水稻出現缺氧。

（2）防治：加強稻田的排水能力，合理澆灌，避免稻田積水過多，遇到連續陰雨天氣，應該及時開溝進行排水，防止出現缺氧症狀。

2、土壤原因

（1）原因：適宜水稻生長的PH值在7左右，當土壤中的PH值沒有達到水稻生長所需，會影響根部的呼吸。並且當土壤偏酸時會導致土壤出現板結，土壤沒有辦法及時透氣造成缺氧。主要是由於農户們追肥時沒有注意合理使用肥料，過量的使用化肥或者是一些酸性肥料，導致土壤的有機物質含量降低，使土壤逐漸板結。土壤無水的時候其情況更加嚴重，水稻根部沒有辦法透氣從而缺氧。

（2）防治：提高有機肥的施用比例，減少化肥的使用，對於已經偏酸性的土壤可以使用生石灰粉等鹼性物質中和土壤酸鹼性。定時進行中耕培土，增強土壤的通透性，加強根部的呼吸，提高土壤氧氣含量。